Po operacji choroby Mortona pacjent przez 3 tygodnie porusza się w specjalnym bucie pooperacyjnym ze sztywną podeszwą. But zapewnia ochronę operowanej stopy i rany pooperacyjnej, umożliwiając jej prawidłowe gojenie.
W pierwszym okresie pooperacyjnym w celu zmniejszenia obrzęku i bólu, należy ograniczać chodzenie oraz chłodzić stopę. Dodatkowo należy wykonywać ćwiczenia zalecone przez fizjoterapeutę. Po około trzech tygodniach od zabiegu należy rozpocząć specjalistyczną rehabilitację. Początkowo głównym celem jest minimalizacja obrzęku, reedukacja chodu oraz niedopuszczenie do powstania zrostów w okolicy blizny. W tym celu stosuje się masaż przeciwobrzękowy oraz mobilizację blizny, dodatkowo można zastosować kinesiology taping wspomagając ewakuację obrzęku. Niezbędnym elementem fizjoterapii jest neuromobilizacja nerwu kulszowego i piszczelowego, która zapewnia prawidłowy ślizg nerwu oraz zapobiega powstawaniu zrostów wokół nerwu.
W kolejnym etapie fizjoterapii, należy wzmacniać mięśnie krótkie i długie stopy oraz całej kończyny dolnej. Ponadto szczególną uwagę należy zwrócić na ćwiczenia propriocepcji. Ostatni etap obejmuje ćwiczenia dynamiczne (trucht, skoki). Przez cały okres rekonwalescencji, fizjoterapia dostosowana jest do aktualnego stanu pacjenta. Intensywność ćwiczeń zależy od możliwości pacjenta oraz jego potrzeb.